Новоспасский монастырь основан в XIII веке святым благоверным князем Даниилом Московским. По преданию, монастырь располагался на том месте, где сейчас находится Свято-Данилов монастырь.
В 1330 году сын Даниила великий князь Иоанн Данилович Калита перенес обитель за стены Московского Кремля к церкви Преображения Господня. Возобновление обители произошло в конце XV века в правление князя Иоанна III, который перевел и велел построить новый монастырь на Васильевском стане на берегу Москвы-реки. Тогда же монастырь получил свое новое название Новоспасский.
Новоспасский монастырь служил не только как место для православных верующих, но и крепостью на подступах к Москве, отражавшей в Отечественную войну 1812 года нашествие Наполеона, но монастырь был разрушен и разграблен французами. После ухода французских войск храмы обители были восстановлены и освящены.
С приходом большевистской власти в 1917 году монастырь был закрыт, и на его территории был организован концентрационный лагерь, а в 1930-е годы в Спасо-Преображенском соборе был размещен архив НКВД.
В 1990 году Новоспасский монастырь был возвращен Русской Православной Церкви. 23 марта 1991 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II в Преображенском храме была отслужена первая Божественная литургия, и монастырю был присвоен статус ставропигиального.
Усыпальница Романовых
Новоспасский ставропигиальный монастырь место погребения бояр Романовых – предков царственного Дома. В подклете Спасо-Преображенского собора насчитывалось более 70 захоронений бояр и их близких родственников. Усыпальница рода Романовых сохранилась и до наших дней, она была восстановлена в конце 1990-х годов, в ней был воссоздан храм в честь преподобного Романа Сладкопевца.
В 1995 году в усыпальницу монастыря были торжественно перенесены из Московского Кремля сохранившиеся останки Великого князя Сергея Александровича Романова, убитого в 1905 году террористом И. Каляевым. В 1998 году на территории монастыря был установлен воссозданный крест-памятник, точная копия креста стоявшего в Кремле на месте гибели князя. Этот бронзовый крест, напоминающий об убийстве князя, восстановлен по сохранившимся эскизам друга Сергея Александровича живописца В.М. Васнецова.
Архитектурный ансамбль
В ансамбль Новоспасского монастыря входят: Спасо-Преображенский собор (1491-1497 гг.), (перестроен 1645-1647 гг.), выстроенный по образу Успенского собора в Московском Кремле. В храме находится сохранившийся пятиярусный иконостас и уцелевшая настенная роспись созданная живописцами конца XVII века.
В 1652 году на территории обители была построена церковь Николая Чудотворца, церковь Покрова Пресвятой Богородицы (1673-1675 гг.), в тот же период были построены братский корпус, настоятельский корпус.
В 1785 году архитектором И.П. Жеребцовым была построена колокольня с надвратной церковью преподобного Сергия Радонежского. В 1791-1795 годах архитектором Е.С. Назаровым был возведен храм иконы Божией Матери «Знамение».
Мощные крепостные стены монастыря со сторожевыми башнями и стрельницами были построены в середине XVII века, их возводили под руководством русского архитектора Федора Коня.