Патриаршие палаты были построены по указу патриарха Московского и всея Руси Никона в 1653-1655 годах русскими зодчими на месте более древних сооружений митрополичьего, и патриаршего двора в Московском Кремле. Руководили работами подмастерье каменных дел Алексей Корольков и подмастерье Иван Семенов.
Домовый храм был построен в ансамбле парадных помещений патриаршего дворца к концу 1655 года. При патриархе Иоакиме церковь была перестроена, заново расписана и освящена 13 сентября 1681 года во имя святых Двенадцати апостолов.
Дворец патриарха Никона
Первый этаж дворца занимали различные службы и хозяйственные помещения, третий - личные покои патриарха. На втором этаже находилась парадная Крестовая палата, предназначалась она для заседаний Священного Собора, приемов иностранных послов и торжественных обедов. В этой же палате варили церковное масло миро, используемое при обряде крещения, отсюда ее другое название – Мироваренная палата.
По внутренним переходам здания можно перейти в церковь Двенадцати апостолов – домовый храм русских патриархов. Патриаршие палаты построены единым комплексом, церковь Двенадцати апостолов поставлена на высокий подклет с двумя проездными арками и слита со всем зданием в единое архитектурное целое.
Музей и выставки
На первом этаже в Одностолпной палате Патриаршего дворца располагается выставочный зал музея, на втором этаже в Крестовой палате, парадных сенях, трапезной и в церкви Двенадцати апостолов представлены памятники истории и культуры XVII века, личные вещи патриархов, драгоценная посуда, карманные и настольные часы, образцы лицевого шитья и убранства интерьеров, рукописные и старопечатные книги.
В церкви Двенадцати апостолов действует выставка икон, где представлена экспозиция ценнейших икон XVII века, большая часть которых вышла из мастерских Кремля и украшала кремлёвские соборы.
В экспозиции представлены иконы царских изографов конца XVII века: икона «Федор Стратилат» Симона Ушакова, икона «Андрей Первозванный» Федора Зубова, икона «Распятие с апостольскими страстями» Федора Рожнова и другие. Древний иконостас церкви не сохранился. Существующий иконостас (конец XVII - начало XVIII вв.) перенесен в храм в 1929 году из кремлевского Вознесенского монастыря, также представлен на выставке.